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佛山市审计局设8个职能科（室）：
（一）办公室（挂监察室牌子）（联系电话：83324900）
组织协调机关日常政务工作；拟订审计发展规划、年度审计计划和审计业务统计；审核审计文书、草拟综合性文件；规划组织审计专业培训；组织协调审计专业技术职务考评和国际注册内部审计师报考工作；负责机关文秘、保密、信访、财务、计划生育、保卫和行政事务等工作；负责机关的党务、宣传教育、人事、劳动工资、老干、工、青、妇等工作；协助对市辖区审计机关领导班子的任免；履行纪检、监察两项职能，负责本单位的纪检监察工作，检查、指导市辖区单位纪检、监察工作。
（二）政策法规科（联系电话：83322870）
负责掌握运用审计工作相关的法律、法规和规章；复核机关的审计报告、审计意见和审计决定；受理审计行政复议和应诉；组织实施审计普法教育；组织实施审计机关审计业务质量检查；指导与监督全市内审工作；指导和监督农村集体经济审计工作；审计监督社会审计组织的审计业务质量；草拟审计业务管理制度；指导市辖区审计机关的法制工作。
（三）财税审计科（联系电话：83330117）
负责审计市本级预算执行情况、市国库办理市本级预算资金的收纳、拨付情况；负责对市财政部门及其直属单位财务收支审计；负责审计市辖区人民政府预算执行和决算及预算外资金；根据上级授权，负责审计市地税系统税收征管情况及其财务收支；开展专项审计调查；指导市辖区审计机关财政、税务审计业务。
（四）金融审计科（联系电话：83387511）
负责审计市级地方金融机构；根据上级授权，审计中央或省级国有金融、保险、证券分支机构及所属的非金融企业的资产、负债、损益状况；负责审计市人民政府主管部门管理的和受市人民政府委托由社会团体管理的社会保障基金、住房基金和住房公积金的筹集、管理、使用及财务收支情况；开展专项审计和审计调查；指导市辖区审计机关金融审计业务。
（五）行政事业审计科（联系电话：83387515）
负责审计公共财政支出。对市直党群、行政机关、政法机关和文体广播、教育、卫生、科技等事业单位的财务收支进行审计；负责审计环保、农、林、水利、水产资金的筹集、管理、使用情况；负责审计市人民政府主管部门管理的和受市人民政府委托由社会团体管理的社会捐赠资金及其他有关基金、资金的筹集、管理、使用及财务收支情况；根据上级授权，审计中央和省驻禅行政、事业单位的财务收支；开展专项审计调查；指导市辖区审计机关行政、事业审计业务。
（六）经贸审计科（联系电话：83334855）
负责审计市属国有及国有控股或国有资产占主导地位企业的资产、负债、损益情况及其国有资产的保值增值；根据上级授权，审计中央和省驻禅企业的财务收支或开展专项审计调查；负责审计国际组织、国际金融机构和外国政府的贷款、援助、赠款项目和项目执行单位的资金使用情况，提供审计公证报告；开展效益审计，对政府及其各部门、事业单位发生的经济活动的经济性、效率性及其效果性进行审查和评价；指导市辖区审计机关的效益审计、企业审计和外资运用审计业务。
（七）经济责任审计科（联系电话：83389224）
负责市属党政群机关、审判机关、检察机关和事业单位正职领导和市辖区区级正职领导任期经济责任审计；负责市属国有资产经营公司、政府授权经营企业法定代表人任期经济责任审计；承办市经济责任审计联席会议办公室日常事务；指导市辖区审计机关的任期的经济责任审计业务。
（八）固定资产投资审计科（联系电话：83300362）
负责审计市属国家建设项目的预概算执行和竣工决算以及市管建设项目的资金来源、使用情况、经济效益，审计市直各部门管理的固定资产投资，开展专项审计和审计调查，指导市辖区审计机关固定资产投资审计业务。 | 
